Bience

Bience (Bière et Science !) est un projet de R&D en microbiologie
Ce projet très sérieux a été initié par nos voisins, les brasseurs de La Nébuleuse, qui veulent mieux comprendre comment fonctionnent les levures qu’ils utilisent pour fabriquer leurs produits. Avec l’aide des biologistes de l’association, ils vont apprendre à dompter ces petites bêtes à Hackuarium.
Le projet a été présenté lors de l' Openhackuarium vol. 57 "Bière" (pas mal de détails sur la page discussion : Talk:Openhackuarium_vol._57_"Bière")

Premiers WE de travail

Luc visite la brasserie avec Kouros et Romain pour mieux comprendre le matériel réel utilisé en phase de fermentation.

Première expérience : Survie de la S-23 après rehydratation

Objectif

Parfois, la levure ne fermente pas bien ou pas assez une fois le moût innoculé. Une des étapes qui n'était pas toujours systèmatique était la réhydratation. Le temps de réhydratation n'était pas toujours le même. Avec cette expérience, nous voulons savoir si le temps de réhydratation a des effets sur la survie.

Méthode

Réhydratation de la S-23 dans 10x le poids en eau. Ici 0.5 g dans 50 ml. Un falcon gardé sous agitation et l'autre sans. Les points sont mesuré à différent temps en récupérant 100 ul de chaque falcon qui sont ensuite dilués 10 000x et inoculé (2x 5 ul) sur des plaques d'agar. les colonies sont compté après 48h d'incubation à 30 C°. Le nombre de cellules vivante est calculé selon la formule : (nombre colonie x 200 x 10 000)

Résultat

Fig. 1. Survie de la S-23 après réhydratation. Nombre de cellules vivantes par ml en fonction de différents temps de réhydratation. La ligne rouge représente la quantité théorique en fonction du poids de levure sèche utilisée.

On observe un pic à 2h sous incubation. Ce que cette expérience indique surtout, est que le temps de rehydratation n'a pas une très grande influence sur la survie. Il est donc possible de garder les levures dans le yeast tank au moins pendant 4 heures sans effet néfaste.

Prototype pour mesurer un volume de gas

Objectif

Pour pouvoir suivre la production de CO2 durant la fermentation, un instrument de mesure du volume de gas est nécessaire. L'objectif de ce prototype est de permettre de tester différentes configurations low-cost et low-tech et d'en comparer la précision.

Méthode

Construire un instrument de mesure du volume de gas produit par une culture de levure en fermentation pendant un temps donné.

Résultat

Le prototype 1 est décrit dans le schéma ci-dessous, ainsi que représenté par une photographie

This is what the whole setup looks like.

Techniques utiles à la Bience

Culture solide

Principe

La culture sur plaque est un outil indispensable au bon Bientifique. Ces cultures permettent de répondre à un grand nombre de questions allant du nombre de cellules effectif d'une culture liquide, à la détection et l'identification des infections. Il existe un grand nombre de milieux différents en fonction des besoins. Ici, nous parlerons surtout de ceux que nous utilisons à la Nébuleuse. Principalement, nous utilisons un milieu à base de malt extract (de moût) dans lequel on ajoute du yeast extract maison, de l'agar et une pointe de sulfate de zinc.

Protocol: Recette

Il n'est pas nécessaire de travailler en condition stérile à part si l'on récupère les ingrédients à partir de stocks stérilisés.
À partir de milieu liquide (250 ml) 1. Utiliser un milieu liquide complet d'une gravité d'au moins 8 p° (couper à l'eau déminéralisée si nécessaire pour économiser).
2. Ajouter 3.75 g d'agar (1.5%) et bien mélanger. Passer eventuellement au microonde une minute pour aider à dissoudre.
3. Autoclaver le milieu puis laisser refroidir à température ambiante avant de stocker au frigo.
Travailler en condition stérile à partir de ce point
4. Au moment de couler les plaques, passer au microonde jusqu'à ce que tout le contenu redevienne liquide. Disposer les plaques en cercles autour de la flamme sous la hotte stérile et ajouter 5 ml de milieu pour les petites plaques et ~30 ml pour les grandes. Une fois l'agar polymerisé on stocke les plaques fermée au frigo dans un emballage stérile (réutiliser celui des boites).

Comptage sur plaque

Comptage sur plaque L'échantillon de culture est dilué jusqu'à 100 000x et déposé sur une plaque. Ici, on compterait la dilution de 10 000x après une nuit pour connaitre la concentration de base.

Principe

Le comptage sur plaque permet d'avoir une bonne estimation du nombre de cellules dans une culture liquide. Contrairement au comptage au spectrophotomètre, il est nécessaire d'attendre une nuit complète avant d'avoir le résultat. Cette technique donne un résultat plus fiable que le spectrophotomètre. Il est donc préférable de se fier au résultat sur plaque après 24h. La méthode consiste à effectuer une dilution en série d'une culture dont on aimerait connaître le nombre de cellules. Ensuite, 5 ul de culture dilué sont déposé sur une plaque de Culture solide. Le principe est que ces 5 ul contiennent un nombre de cellules suffisamment petit pour que chacune d'elle se divise en une colonie distincte. Les colonies sont ensuite comptées et le nombre de cellule d'origine est calculé selon la formule suivante : Cells/ml = #colonies*200*dilution.

Protocole détaillé

Cette technique nécessite de travailler sous la hotte de ventilation avec du matériel stérile.
1. Préparer 4 à 6 alicots (1.5 ml) selon la concentration estimée, en ligne sur un portoir et les numéroter. Ajouter 900 ml d'H2O stérile dans chaque tube.
2. Ouvrir la culture liquide à mesurer et récupérer 100 ul qu'on ajoute au tube numéro 1 (dilution 10x). Mélanger up and down avec la pipette et récupérer 100 ul à passer dans le tube numéro 2 (dilution 100x) et ainsi de suite.
3. Préparer une plaque de culture solide et noter sur le couvercle les numéros des tubes correspondant à leur dilution. Déposer 5 ul des dilutions voulues en ligne et attendre 5 à 10 minutes que les gouttes sèchent. Déposer la plaque fermée à l'envers dans l'incubateur à 30 C° et attendre que des petites colonies apparaissent. En général, une nuit.
4. Compter le nombre de colonies à partir de la dilution la plus basse possible. on compte en général les dilutions #4 (10 000x) ou #5 (100 000x). Un comptage d'une cinquantaine à une centaine de colonie donne un résultat plus précis que de compter une dizaine sur la dilution suivante.
5. Calculer selon Cells/ml = #colonies*200*dilution. Exemple : On compte 76 colonies sur la dilution #4. La culture d'origine contenait donc 76*200*10 000 = 1.52e+8 Cells/ml.

Comptage au spectrophotomètre

Principe

Le spectrophotomètre permet de mesurer la densité optique (OD) d'une solution. En réglant la longueur d'onde à 600 nm, il est possible d'avoir une bonne idée de la densité cellulaire d'une culture liquide. Cette mesure n'est pas très précise mais donne une bonne idée de l'ordre de grandeur et permet d'avoir un résultat rapide. On l'utilise en général avant de pitcher afin de déterminer le volume nécessaire. On confirme le résultat avec un comptage sur plaque. Il est nécessaire de diluer 50x à 100x une culture classique (1e+8 C/ml). On utilise donc les première ou deuxième dilutions de la série utilisée pour le comptage sur plaque.

Protocole détaillé

Il n'est pas necessaire de travailler en condition stérile une fois l'échantillon récupéré.
1. Allumer le spectrophotomètre afin de laisser la lampe chauffer. Il faut attendre au moins 15 minutes.
2. Effectuer une dilution jusqu'à obtenir une solution bien translucide (50 à 100x)
3. Prendre une cuvette adaptée au spectro et la remplir d'eau afin de l'utiliser comme "blanc". placer la cuvette dans la machine réglée à 600 nm et appuyer sur le bouton representant une cuvette pour calibrer.
4. On utilise la même cuvette que le blanc pour mesurer l'échantillon dilué. Il faut mesurer une OD comprise entre 0.3 et 0.8 afin d'être le plus précis possible. Diluer plus ou moins l'échantillon jusqu'à être dans le bon range.
5. Calculer 3e+6 cellules par OD selon la formule : OD*3e+6*dilution

Souches de levures utilisées par la Nébuleuse

S-23

S-23 Grossissement 100x

Propriétés

Souche de Fermentis [1] utilisée pour la production de lagers fruitée.

Bières

- Stirling
- Brewstach

Morphologie et propriétés

Les cellules apparaissent très petites et rondes en grossissement 100x. On distingue bien le nucléole en rouge en augmentant la lumière. Du point de vue des colonies, elles apparaissent très petites au bout de 24h sur milieu riche en malte, contrairement à la S-04 qui pousse plus rapidement.